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clontech R400492 ThruPLEX 血漿樣本建庫(kù)試劑盒
  • 品牌：TAKARA
  • 產(chǎn)地：美國(guó)
  • 貨號(hào)：R400492
  • 發(fā)布日期： 2020-11-11
  • 更新日期： 2024-08-22
產(chǎn)品詳請(qǐng)
產(chǎn)地 美國(guó)
品牌 TAKARA
貨號(hào) R400492
用途 文庫(kù)構(gòu)建
包裝規(guī)格 96 Rxns
純度 %
是否進(jìn)口 是


clontech R400492 ThruPLEX 血漿樣本建庫(kù)試劑盒?。?！

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產(chǎn)品名稱：PicoPLEX  Single Cell WGA Kit v3

產(chǎn)品貨號(hào)：R400492


  · 單細(xì)胞（或＜15 pg DNA）起始，可獲得可重復(fù)的結(jié)果

  · 等位基因再現(xiàn)性
  · 易于使用和自動(dòng)化
  · 應(yīng)用廣泛，可以用于微陣列，PCR等      


技術(shù)原理：
PicoPLEX  Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以從單細(xì)胞擴(kuò)增DNA，獲得高度可重復(fù)的文庫(kù)。細(xì)胞裂解和預(yù)擴(kuò)增后，進(jìn)行低背景的PCR擴(kuò)增，并在3小時(shí)內(nèi)獲得微克級(jí)產(chǎn)物。
     除了延續(xù)之前PicoPLEX WGA Kit可進(jìn)行高度可重復(fù)的拷貝數(shù)變異（CNV）分析外，該試劑盒通過(guò)使用高保真酶，盡可能減少擴(kuò)增誤差，并能檢測(cè)單核苷酸變異（SNV）。      

圖1.  PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技術(shù)


     

圖2.  基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit  v3的CNV檢測(cè)

以來(lái)自不同細(xì)胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的單細(xì)胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3擴(kuò)增基因組。之后取1ng的擴(kuò)增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫(kù)，并在Illumina MiSeq（PE 75）進(jìn)行測(cè)序。對(duì)Fastq文件去除接頭序列信息后，與human genome assembly GRCh37進(jìn)行比對(duì)。只分析常染色體。對(duì)于這兩個(gè)panels，校準(zhǔn)歸一化至100萬(wàn)reads，使用bedtools 2.25.0計(jì)算每1 Mb的 bin的reads數(shù)。使用Integrative  Genomics Viewer (IGV)繪制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX  Single Cell WGA Kit v3還顯示了可以高品質(zhì)的進(jìn)行染色體異倍性分析。
     

圖3.  PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因組覆蓋范圍的重現(xiàn)性高

以GM12878的單細(xì)胞樣本起始（一式兩份），分別使用PicoPLEX WGA v3，A公司試劑盒和B公司試劑盒擴(kuò)增基因組。之后取1ng的擴(kuò)增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫(kù)，并在MiSeq（PE 75）進(jìn)行測(cè)序。然后與human genome assembly GRCh37進(jìn)行比對(duì)，歸一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0計(jì)算每個(gè)1 Mb的bin的reads數(shù)。對(duì)這兩個(gè)單細(xì)胞文庫(kù)的每個(gè)窗口的total read進(jìn)行繪制，計(jì)算Pearson和Spearman相關(guān)性并在每個(gè)圖中標(biāo)明。
     
Panel A. 包含異常值的樣本。*由于不同技術(shù)存在不同的偏差，沒(méi)有排除相關(guān)點(diǎn)，所以圖表的比例不同。
       Panel B. 排除異常值的樣本。與A公司和B公司試劑盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重現(xiàn)性和覆蓋度。


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品牌                      產(chǎn)品貨號(hào)                產(chǎn)品名稱
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TAKARA             R300698             SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
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TAKARA             R400492             ThruPLEX Plasma-seq 96D Kit
TAKARA             R400586             ThruPLEX Tag-seq 96D Kit
TAKARA             R400677             ThruPLEX® DNA-Seq Kit
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